有休は取得者が決める事なので会社として『ここ半日お休みになっちゃったけどお給料出るから有休にしてね』とはなりません あとは会社から終日出勤扱いでと指示があったのならそのままにすべきだし、会社命令は半日で終わりだけで個人の判断で終日出勤扱いにしたいなら自己責任でそうするしか無いかな。