これは個人的な考えで、論文とかそういったものはないのですが 土壌の栄養も土壌菌が産み出す代謝物によって作られているのではないでしょうか？ 肥料などは土壌菌や畑に生息しているミミズなどの餌が含まれており、土壌に住まう生物たちの循環によって野菜が育っているのではないかと思います。