Murid-muridnya nakal, gemar mengenakan dia dengan pelbagai helah. Rakan sekerjanya pula bukan sekadar guru biasa—ada yang jujur, ada pula yang penuh muslihat. Si Kemeja Merah, seorang guru kanan, menggunakan kuasanya untuk menjatuhkan sesiapa yang menghalang rancangannya, termasuk menindas rakan sekerja sendiri. Terperangkap dalam dunia sekolah yang penuh kepura-puraan, Botchan harus membuat keputusan—melawan kezaliman atau meninggalkan segalanya demi maruahnya sendiri.